Самое раннее упоминание о поселениях на территории Нейской земли относится к 1502 году, когда Великий князь Московский Василий Иванович пожаловал дьяку Ивану Садыкову Старо-Покровскую волость , центром которой был погост Покровский на реке Нее.

Восточную часть Нейского района пересекал древний торговый тракт, проходящий через реку Унжу, с. Солтаново, д. Коткишево, Парфеньево,

г. Галич, связывающий Сибирь и Казань с центром России. Этот тракт известен  с 1553 года.

В первой части 17 века, в одном из первых географических описаний Московского государственного университета в «Книге Большого чертежа» сказано: «А в Унжу – реку пала от Галича река Нея.» эти места до 1778 года входили в состав Галичского княжества, объединявшего территорию, на которой в 1778 году  по Указу императрицы Екатерины 2 было образовано 7 уездов, в т.ч. Кологривский, в состав которого входила территория настоящего Нейского района.

       Существует несколько вариантов происхождения названия города Неи. Наиболее достоверным представляется тот, в котором говорится, что предположительно эти места до 9 века населяли угро-финские племена, народности – меря. На угро-финском языке «Нея» означает «переплетенная река». «Я» - река. «Неи» - перепутанная, извилистая. Очевидно, племя меря назвали реку извилистой – Неия, а славяне, появившиеся на этих землях в 9-10 веках, стали называть ее просто Нея. А от названия реки произошло и название селения. Река Нея, пересекающая район с севера на юг, и которой район обязан своим названием в древности играла роль основного пути сообщения. По ней перевозили товары купцы (еще в 18 веке по ней возили соль в Парфеньево).

Развитие торгово-производственных связей центра России с Сибирью и  осложнившаяся к концу 19 века внешне-политическая обстановка на Дальнем Востоке поставила вопрос о строительстве железной дороги, связывающей центр с Сибирью.

Общее направление дороги совпало с древним торговым трактом. В 1903 году началось и в 1906 г. Был построен участок железной дороги Вологда-Вятка, так появился полустанок Нея. Место для станции было выбрано 2,5 км от реки Неи, этот выбор был продиктован топографическими условиями и градостроительными требованиями.

С пуском железной дороги открывались прекрасные перспективы для предпринимателей, так как дорога связывала большие лесные массивы со столицей и крупным портом Петербургом. В 1902 году в здешних местах появился англичанин Оскар Стевеня, который, оценив обстановку, решил строить деревообрабатывающий завод. К концу 1905 года все строительные и монтажные работы были закончены. Из Англии доставили паровую машину в 5 лошадиных сил и локомотив в 85 лошадиных сил. Это оборудование составило машинное отделение. В лесопильном цехе установили 4 пилорамы, 2 обрезных станка, ребровых и строгательный станок.

20 сентября 1926 года п Нея Макарьевского уезда Иваново-Вознесенской губернии был отнесен к категории рабочих поселков. Наш район как административное деление, был образован в 1929 году «В апреле 1929 года постановлением 18 губернаторского съезда Советов Костромская губерния была преобразована в округ. В состав округа было включено 14 районов. В Нейский район вошел Кужбальский район и ряд селений Макарьевского уезда Иваново-Вознесенской губернии».

Центром района числился поселок Нея. Территория района составляла 2,3 тыс. кв. км. В нем проживало население 27160 человек, в том числе сельского 19590 человек. С образованием Костромской области, 13 августа 1944 года, рабочий поселок Нея  вошел в ее состав. В 1958 году Указам Президиума ВС РСФСР рабочий поселок Нея был преобразован в город областного подчинения. Район относится к числу лесных районов области.

Кроме лесного богатства Нейский район обладает и другими природными ресурсами. В районе имеются торфяные болота, месторождения горючих сланцев, битуминозных глин, северного колчедана. В почвенном отношении район делится на две части. В северной преобладают суглинки и супески, в южно – песчаные почвы и боровые пески.

В районе есть и памятники природы:

Парк в центе города Неи – 3 га

Парк на берегу р. Неи от военного городка до Риковского моста – 30 га

Кауровские озера в пойме реки Неи Солтановского с/с с охранной зоной – 10,7 га

Зона отдыха «Мыза» на берегу р. Номжа – 22 га

Ресурсные заказники с видами растительного ресурсного сырья: брусника, черника, груздь, белый гриб, маслята.